六条是一个对周遭的人事物都默不关心的中学生，可是他体内却隐藏着忍者的世界（也就是隐世）最强的秘术（森罗万象）为了夺取这种无以伦比的力量，源自伊贺忍者的[灰狼众]全体出动誓要将六条带回伊贺之里。
另一方面六条的英语老师云萍平和六条的同学虹一都是万天之里的忍者，他们的任务就是保护六条的安全。一场[森罗万象]的争夺战将各方忍者卷入其中，六条想要恢复独善其身的唯一方法就是成为[隐王]于是他被迫走进隐世，接受未知的挑战。