洛克人X3故事由天才雷普利机械人科学家多普勒博士而起(大概这个吧) .
　　异常的编程(因为小西西异常病毒)已经被压制了。
　　他最伟大的发明
　　Neuro电脑
　　保护者所有的已安装一个Neuro芯片的雷普利机械人以免变成一个异常者。
　　上百个高级的雷普利机械人开始了解多普勒博士，把他当成一种领导，然后开始加入他。
　　他们一起建造了一个新的雷普利机械人和人类的乌托邦(理想国):多普勒城
　　但是和平不会持续很久。就在多普勒城完成后的几个月，
　　许多居住在那的雷普利机械人开始变得狂暴，还开始攻击其他雷普利和人类。
　　他们奇迹地变成了异常者
　　尽管他们安装了Neuro芯片。 
　　不久后人们就了解到，多普勒博士一定是这些攻击的后盾。(我理解成策划者)
　　现在，一个Mechaniloids军队正在攻击异常者猎人的总部。
　　x和zero，正在从其他任务中返回， 
　　必须阻止这个军队破坏猎人总部或者是更重要的事情
　　他们必须阻止多普勒实行他曲折的计划
　　无论它的后果怎么样……